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Im Jahr 2004 wurde eine gross angelegte Inventur des Rheins und der Gewässer in seinem Einzugsgebiet abgeschlossen. Insgesamt neun Staaten haben sich daran beteiligt.
Anlass dieser Bestandsaufnahme ist die europäische Wasserrahmenrichtlinie. Sie modernisiert und vereinheitlicht das europäische Wasserrecht und fordert die grenzüberschreitende Bewirtschaftung der Gewässer in Flussgebieten. Ziel ist der gute Zustand aller Gewässer: Sie sollen bis 2015 nicht nur sauber sondern auch ökologisch intakt sein. Mit der Umsetzung dieser Richtlinie bricht eine neue Ära im Gewässerschutz an – europaweit wird künftig enger zusammengearbeitet.
Die Bestandesaufnahme für das Flussgebiet wurde von der Internationalen Kommission zum Schutz des Rheins, IKSR, veröffentlicht.
Die Bestandesaufnahme 2005 der Gewässer im Bearbeitungsgebiet Alpenrhein - Bodensee zeigt die grossen Erfolge der Reinhaltemassnahmen, aber auch die Defizite des ökomorphologischen Zustandes der Gewässer.
Weitere Publikationen zu diesem Thema:
Gesamtbericht zur Bestandesaufnahme 
Bodensee: Zustand, Fakten und Perspektiven (Bilanz 2004)
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